В хламидомонаде, как и во всех других эукариотических клетках, ядро с ядрышком играют ключевую роль в регуляции клеточных процессов. Ядро содержит генетический материал клетки в виде ДНК, который кодирует белки и другие молекулы необходимые для жизнедеятельности организма. Ядрышко, или нуклеолус, является местом синтеза рибосомальной РНК (рРНК) и сборки рибосом, играя важную роль в биосинтезе белков.
Таким образом, ядро с ядрышком в хламидомонаде отвечает за хранение и передачу генетической информации, ее репликацию и транскрипцию, а также за производство рибосом и другие клеточные процессы, необходимые для выживания и размножения клетки.